马德里康普斯顿大学的学术机构共分为19个系、11个大学学院、6个专科学校、20个研究所和10个专业进修学校。

全校的19个系分属人文科学、社会科学、自然科学和医学4大类，每个系设有教研室、图书馆、书店和复印社等部门。

马德里康普斯顿大学共有11个大学学院，其中有5个是大学基础普及教育学院，6个是大学专业学院（企业研究学院、光学学院、统计学学院、护理与理疗学院、社会工作学院、图书馆学与文献学院）。学院的学制通常为3年，主要从事大学基础教育。

马德里康普斯顿大学的研究所除承担研究项目外，还开展培养硕士生的专业教学工作。全校的20个研究所是教育科学研究所、犯罪学研究所、现代语言与翻译研究所、环境科学研究所、统计学研究所、人权研究所、拉蒙·卡斯特罗维霍眼科研究所、胚胎学研究所、宗教研究所、药品研究所、比较法学研究所、肉食品科学与工艺学研究所、人力资源研究所、工业药学研究所、梅嫩德斯·皮达尔历史研究所、应用磁学研究所、奥林匹克运动科学研究所、妇女问题研究所、俄罗斯文化与科学研究所、无线电通讯研究所。

西班牙作为欧洲共同体成员国，积极参与共同体资助的欧洲大学生流动规划棗伊拉斯漠规划（ERASMUS）。马德里康普斯顿大学除支持和参与ERASMUS规划外，还同下列学术交流项目有密切关系，欧洲共同体学分转移规划（ECTS）、新技术教育与培训规划（COMETT），增进外语知识规划（LINGUA）、青年学者交流规划（YES）、欧洲大学流动规划（TEMPUS）、职业供求传播系统（SEDOC）、促进经济科学规划（SPES）、共同研究中心（CCI）等等。





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