1999年9月，一个专门的部－司法和内政事务部门（JHA）成立，该部门委员也于当月就任。这是一个引人注目的进展。而且，在1992年实行单一市场之后，愈来愈明显的是欧盟有必要在如下领域进行广泛的合作，并制定规则：打击毒品、诈骗、移民政策、提供庇护、民事和刑事合作及其它事务等。

欧洲委员会致力于在共同体内所开展的活动包括：

庇护政策

我们有一项托管协定（1990年在都柏林签署），其内容是确定对庇护申请负责进行审查的国家，其中几项决议并不是强制性的，而是仅作建议。

警察和海关合作

本标题下的活动情况包括：

促进以下领域的合作：

维护公共秩序（如球场暴力）
科学警察的工作（科学交流，如DNA样本取样、截收电子信号、在互联网上处理恋童癖者的材料）。

打击毒品

欧洲委员会目前介入了很多领域，主要有：预防、研究、预兆管理、洗钱、司法合作等。欧洲毒品和吸毒监测中心已于1995年开始进行数据搜集、分析、改进数据比较方法、散布信息等。